เรื่องราวในภาคนี้เป็นเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นมาหลังจาก การต่อสู้อันเป็นตำนานของอควอเรี่ยนเมื่อ 12,000 ปี ฮ่องกงเมืองที่ อมาตะ โซระ เด็กหนุ่มทำงานรับจ้างในโรงฉายภาพยนตร์ วันหนึ่งเขาได้พบกับเด็กสาวชื่อว่า มิโคโนะ เขาตกหลุมรักเธอทันทีตั้งแต่แรกพบ ทั้งสองคนพูดคุยกันถูกคอ แต่แล้วเหตุการณ์ที่ไม่คาดคิดก็เกิดขึ้น เมื่อกองกำลังจากโลกอัลเทียที่นำโดยคางุระพาผู้ลักพามาตามจับตัวมนุษย์เพื่อ ไปยังโลกอัลเทีย ซึ่งในตอนนั้นก็ได้หุ่นยนต์อควอเรียของโรงเรียนเนโอดีว่านำทีมโดยคาเยนและ เซสซิก้านักบินระดับท็อป