Knights of Sidonia เมื่อพันปีที่แล้ว กาวน่า สิ่งมีชีวิตต่างดาวที่ไม่มีใครสามารถสื่อสารด้วยได้เข้าโจมตีโลก มนุษยชาติจึงทำการอพยพด้วยยานเมล็ดพันธุ์เพื่อรักษาเผ่าพันธุ์ ทานิคาเสะ นางาเตะ มนุษย์ที่เติบโตในชั้นใต้ดินของยานเมล็ดพันธุ์ “ซิโดเนีย” ได้ขึ้นมาสู่พื้นผิว ผู้เชียวชาญในการควบคุมหุ่นรบโมริโตะรุ่นเก่า “ซึกุโมริ” มากกว่าใคร ๆ เขาและเพื่อนร่วมรบได้ขับหุ่นโมริโตะออกไปต่อสู้กับกาวน่าเพื่อปกป้องมนุษยชาติที่เหลืออยูเพียงน้อยนิด